ブートセクタウイルス（英語：Boot Sector Virus）とは、OSを立ち上げるときに必ず実行されるプログラムが格納されているフロッピーディスクやハードディスクに感染するタイプのウイルス。
このウイルスが自分の複製をつくるのは感染したディスクから起動したときだけとなっていて、感染したディスクにある情報にアクセスしたりコピーしたりしても被害は及ばない。
しかし、ハードディスクに感染するタイプの場合、そのほとんどがOSではなくDOSに書き込まれてしまい、必ず実行される動作が発動ルーチンとなっているのでウイルスにとっては都合の良い感染場所となっている。
フロッピーディスクの感染のタイプは、ブートセクタのオリジナルコードの場所にウイルスのコードが書き込まれる。
このウイルスは1990年代に流行したが、これらのほとんどはフロッピーディスクが使用されなくなって以来、実質上消滅している。
技術的にCDやUSB、ROMなどにブートセクタウイルスを書き込むことができるが、現在にいたってはこのタイプのウイルスは発見されていない。